La sala principale del tempio (Zaō-dō) è il secondo edificio in legno più grande del Giappone e ospita tre imponenti statue blu di Zaō Gongen con espressioni feroci che vengono rivelate al pubblico solo durante i periodi di apertura speciale in primavera e autunno.

Durante l'inverno, il pavimento della sala principale diventa così freddo che i visitatori descrivono la loro visita come una forma di addestramento ascetico, con temperature che scendono a circa 2°C all'interno di questo spazio sacro non riscaldato.

Kinpusen-ji servì come quartier generale per l'Imperatore Go-Daigo durante il periodo della Corte del Sud, con i potenti僧兵 (monaci guerrieri) del tempio che fornivano un supporto militare che rivaleggiava persino con i grandi templi di Nara e Kyoto.