Le hall des invités du temple est en fait un bâtiment déplacé de l'ancien château de Fushimi-Momoyama, offrant aux visiteurs une rare opportunité de marcher à l'intérieur d'une architecture de château authentique de l'époque féodale.

Akechi Mitsuhide, le samouraï qui trahit Oda Nobunaga, reconstruisit ce temple après que son seigneur l'eut incendié lors du siège du Mont Hiei. La tombe familiale se trouve encore aujourd'hui dans l'enceinte du temple.

En tant que temple principal de la secte Tendai Shinsei, le Saikyo-ji supervise plus de 450 temples affiliés à travers le Japon, ce qui en fait l'un des centres bouddhistes les plus influents du pays.

Le bâtiment principal a été entièrement construit en bois de zelkova japonais et présente des peintures sur portes coulissantes du légendaire artiste Kano Eitoku, ainsi qu'un jardin conçu par le maître paysagiste Kobori Enshu.