A sua história liga-o ao Matsuo Taisha, um dos importantes santuários de Kyoto, porque foi reconstruído como santuário filial após o incêndio de 1241.

O santuário Ichitani Munakata Jinja foi formado pela fusão de dois santuários: Ichitani-sha e Munakata-sha, durante o período Daihō (701-704).

O santuário foi destruído por um incêndio em 1241 e depois reconstruído como filial de Matsuo Taisha.