이 사찰은 히코네 번의 영주인 ii 가문의 菩提寺(보리사)로 기능했습니다. 도쿠가와 막부에서 권력을 행사했던 ii 나오스케를 포함하여 ii 가문의 역대 당주 13명의 묘를 안치하고 있습니다.

이 사찰은 원래 1480년에 고토쿠인(Kōtoku-in)으로 창건되었다가, 1659년에 이 씨 가문의 두 번째 영주인 이 나오타카(Ii Naotaka)의 법호를 따라 고토쿠지(Gotoku-ji)로 개칭되었다.

고토쿠지역과 그 주변 지역은 마코토 신카이의 애니메이션 '너의 이름은: 초속 5센티미터'의 촬영 장소입니다. 거리의 모습이 영화의 장면과 거의 동일합니다.

Gotoku-ji는 마네키-네코(손을 흔드는 고양이) 전통의 발상지입니다. 오늘날 방문객들은 행운을 기원하며 봉납된 수백 개의 흰색 고양이 인형을 볼 수 있습니다.