織田信長の京都寺院攻撃の際、万里小路房子が記した勅命により廬山寺は破却を免れました。

1573年、豊臣秀吉の京都改造に伴い、廬山寺は現在の寺町通の地へ移転しました。

豊臣秀吉の京都改造に伴い、1573年に現在の寺町通の場所へ移されました。

現在の伽藍は1708年と1788年の京都の大火後、仙洞御所の一部を移して1794年に再建されました。