Son histoire le relie au Matsuo Taisha, l'un des importants sanctuaires de Kyoto, car il fut reconstruit comme sanctuaire secondaire après l'incendie de 1241.

Le sanctuaire Ichitani Munakata Jinja a été formé par la fusion de deux sanctuaires : Ichitani-sha et Munakata-sha, durant la période Daihō (701-704).

Le sanctuaire a été détruit par un incendie en 1241, puis reconstruit plus tard en tant que branche de Matsuo Taisha.