Les bâtiments actuels datent de 1794, reconstruits après les grands incendies de Kyoto de 1708 et 1788 en utilisant une partie du Palais impérial Sentō.

Le Rozan-ji était l'un des quatre seuls temples dotés d'un okurodo, une chapelle bouddhique privée destinée à la famille impériale.

Rozan-ji était l'un des quatre seuls temples dotés d'un okurodo, une chapelle bouddhique privée directement liée à la famille impériale.

Après les attaques d'Oda Nobunaga contre les temples de Kyoto, Rozan-ji fut épargné grâce à un ordre impérial consigné par la dame de cour Madenokōji Fusako.