O salão de hóspedes do templo é na verdade um edifício transferido do Castelo Fushimi-Momoyama original, oferecendo aos visitantes uma rara oportunidade de caminhar dentro de uma arquitetura autêntica de castelo da era feudal.

Akechi Mitsuhide, o samurai que traiu Oda Nobunaga, reconstruiu este templo depois que seu senhor o incendiou durante o cerco ao Monte Hiei. O túmulo de sua família ainda permanece no terreno do templo até hoje.

Como templo principal da seita Tendai Shinsei, o Saikyo-ji supervisiona mais de 450 templos afiliados em todo o Japão, tornando-o um dos centros budistas mais influentes do país.

O salão principal foi construído inteiramente em madeira de zelkova japonesa e apresenta pinturas em portas de correr do lendário artista Kano Eitoku, além de um jardim projetado pelo mestre paisagista Kobori Enshu.