この寺は、日本の対立する朝廷期に、北朝の天皇と南朝の皇居を同時に独自に収めていた。極めて稀な歴史的配置である。

「女人高野」として知られる金剛寺は、主要な高野が女性を禁じた時代に女性の巡礼者を受け入れ、歴史を通じて仏教女性にとって欠かせない霊的中心となった。

三体の坐像の仏像――大日如来、 不動明王、護山勢明王――は、修復で卓越した芸術性が明らかになり、最近、国宝に指定された。

寺の僧が醸した「天野酒」は非常に珍重され、戦国大名・豊臣秀吉が公式の朱印証書を授けたため、侍の間で伝説となった。