Este templo albergó de forma única, al mismo tiempo, a los emperadores de la Corte del Norte y a las residencias imperiales de la Corte del Sur durante el periodo japonés de cortes rivales, una disposición histórica extremadamente rara.

Conocido como «Kōya-san de las mujeres», Kongōji dio la bienvenida a las peregrinas cuando el monte Kōya principal prohibía a las mujeres, convirtiéndose en un centro espiritual vital para las mujeres budistas a lo largo de la historia.

Tres estatuas budistas sedentes—Dainichi Nyorai, Fudō Myōō y Gōzanze Myōō—fueron recientemente elevadas a la categoría de Tesoro Nacional tras la restauración, que reveló su excepcional arte.

El “Amano Sake” elaborado por el monje del templo era tan apreciado que el señor de la guerra Toyotomi Hideyoshi le concedió un certificado oficial con sello vermellón, volviéndolo legendario entre los samuráis.