Sur 3 400 hectares, les terres sacrées de ce sanctuaire sont les deuxièmes plus vastes du Japon après le grand sanctuaire d’Ise : elles englobent des montagnes entières, le lac Chūzenji, et s’étendent des sommets au centre-ville de Nikkō.

Le sanctuaire rend un culte à une famille divine sur trois montagnes : le père, Ōnamuchi, au mont Nantai ; la mère, Tagorihime, au mont Nyohō ; et leur fils, Ajisukitakahikone, au mont Tarō.

Les « Meoto-sugi » (cèdres unis) partagent un même système racinaire, mais poussent comme deux arbres. L’acteur Hosokawa Shigeki a demandé sa femme en mariage devant cet arbre, disant qu’il savait qu’il ne pouvait pas la laisser partir.

Le nom « Nikkō » (日光) signifie littéralement « lumière du soleil », mais il vient à l’origine de « Futara » (二荒). Les kanji ont été remplacés par des caractères plus favorables : 二 (ni) + 荒 (kō) → 日 (soleil) + 光 (lumière).