Ce temple abrita simultanément, de façon unique, les empereurs de la Cour du Nord et les résidences impériales de la Cour du Sud durant la période japonaise des cours rivales—une disposition historique extrêmement rare.

Surnommé « Kōya-san des femmes », le Kongōji accueillit des pèlerines lorsque le mont Kōya principal interdisait aux femmes, devenant ainsi un centre spirituel essentiel pour les femmes bouddhistes tout au long de l’histoire.

Trois statues bouddhiques assises—Dainichi Nyorai, Fudō Myōō et Gōzanze Myōō—ont récemment été élevées au rang de Trésor national après que la restauration a révélé leur art exceptionnel.

Le moine du temple brassait un « Amano Sake » si prisé que le seigneur de guerre Toyotomi Hideyoshi lui accorda un certificat officiel au sceau vermillon, le rendant légendaire parmi les samouraïs.